From 2007.igem.org

Phase 1

1. 把含50px的plasmid transform E. coli，拿到plasmid DNA。（需要：protocol, reagent）
2. 把tar-Envz中的Envz切下（RE site: NdeI, ?)，接到cloning vector上（需要：protocol, 實驗室有的vector）<a href="http://partsregistry.org/Part:BBa_M0040">LVA tag</a>
3. 把RcsC用PCR分離出來 (內含AflII)（Reverse primer RE site須設計: NdeI），接到cloning vector上 (需要把每個domain的DNA sequence搞清楚)
4. 設計primer時須考慮ribosome binding site的問題

需要人力；每一任務需要一人全力投入。

C3CCBKRB016

 

Primer design

RcsC uses <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&qty=1&c_start=1&list_uids=48994873&uids=&dopt=gbwithparts&dispmax=5&sendto=&fmt_mask=0&from=2315049&to=2318000&extrafeatpresent=1&ef_CDD=8&ef_MGC=16&ef_HPRD=32&ef_STS=64&ef_tRNA=128&ef_microRNA=256&ef_Exon=512#sequence_48994873">UUG</a> as start codon!!

Location of transmembrane signal

BioBrick standard

IGFBP3

IGFBP7

RcsC:

 

OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 1 21 55.92 38.10 4.00 2.00 GAAATACCTTGCTTCTTTTCG
RIGHT PRIMER 1417 20 58.14 45.00 8.00 2.00 GAACATCGATTTTGACTGGC

Phase 2

1. 把RcsC和Envz接在一起。
2. 把Reporter接到OmpR binding site後面。
3.  Quantitative characterization of promotor efficiency (basal transcription level)

RcsC primer:

OLIGO start len tm gc% any 3' seq
LEFT PRIMER 1 21 55.92 38.10 4.00 2.00 GAAATACCTTGCTTCTTTTCG
RIGHT PRIMER 1417 20 58.14 45.00 8.00 2.00 GAACATCGATTTTGACTGGC