Tokyo/Works/Simulation

From 2007.igem.org

(Difference between revisions)
Line 40: Line 40:
<br>
<br>
3パターンについて,nullclines が接する瞬間の相平面は以下のようになる.
3パターンについて,nullclines が接する瞬間の相平面は以下のようになる.
-
[[Image:2Dpp-a-tt.JPG|200px|left|thumb|Fig.4.A]]
+
[[Image:2Dpp-a-tt.JPG|250px|left|thumb|Fig.4.A]]
-
[[Image:2Dpp-ab-tt.JPG|200px|left|thumb|Fig.4.B]]
+
[[Image:2Dpp-ab-tt.JPG|250px|left|thumb|Fig.4.B]]
-
[[Image:2Dpp-b-tt.JPG|200px|left|thumb|Fig.4.C]]
+
[[Image:2Dpp-b-tt.JPG|250px|left|thumb|Fig.4.C]]

Revision as of 21:01, 25 October 2007


Works top  0.Hybrid promoter  1.Formulation  2.Assay1  3.Simulation  4.Assay2  5.Future works


What we have found so far

Wet experiments have determined Hill coefficients, coefficients of repression and activation of AHL and LacI(n2,n3,k2,k3) as follows.


n2 = 2.08 (-)
K2 = 4.05 (μM)
n3 = 2.47 (-)
K3 = 0.295 (μM)

共存安定になるようなパラメータ範囲の提示

共存安定状態の例

パラメータλの値によって,AとBが共存して安定する場合と,Aのみ,Bのみになってしまう3つのパターンが生じる. それぞれのパターンについてシミュレーション結果を示すといFig.1-3のようになる.

Fig.1.A  t=0.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.1.B  t=3.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.1.C   t=30(min) only A

⇒ movie here!!

Fig.2.A  t=0.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.2.B  t=3.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.2.C   t=30(min) A and B are coexistence!!

⇒ movie here!!

Fig.3.A  t=0.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.3.B  t=3.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.3.C   t=30(min) only B

⇒ movie here!!


3パターンについて,nullclines が接する瞬間の相平面は以下のようになる.

Fig.4.A
Fig.4.B
Fig.4.C


範囲の提示

Fig.4