Chiba/Quorum Sensing
From 2007.igem.org
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===Discussion=== | ===Discussion=== | ||
*合成されたS-adenosyl Methionineがほかの代謝経路に使われて、AHL合成に使われなかったのだろうか． | *合成されたS-adenosyl Methionineがほかの代謝経路に使われて、AHL合成に使われなかったのだろうか． | ||
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==2.Improving Receiver== | ==2.Improving Receiver== | ||
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===Result=== | ===Result=== | ||
| - | + | *Ile45->Phe,Ser116->Alaの2か所の変異を入れたものは常にGFPを発現し続けるために、Swichingができなくなってしまった。 | |
| + | *一か所変異を入れたものはwild typeのLuxRを発現するものよりも10倍ほど感度が上がった。 | ||
==3.Aiia== | ==3.Aiia== | ||
Revision as of 06:54, 26 October 2007
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Introduction | Project Design | Bacteria Linker | Communication | Size Controller | Making Marimos | Our Goal || Team Members | メンバ連絡簿 |
Size Control: Our Aim
（マリモのサイズをコントロールしたい/しなくてはならない：どっち？）マリモのサイズをコントロールする為にはAHLの届く範囲をコントロールできればよい．
- AHLの届く範囲をコントロールために以下の３つを考えた：
- SenderのAHL生産能力をあげる
- ReceiverのAHL感受性をあげる
- AHL分解酵素aiiAを使う
1.Improving Sender
Design
AHLはFig.2のpathwayで合成されている．LuxIは十分量発現していると考えられる（の？）ので，中間体（中間物質？名称わかんない）のs-adenosyl methionineの合成を増やしてみる．その為にmetK遺伝子を増やしてみる．
Experiment
Result
Discussion
- 合成されたS-adenosyl Methionineがほかの代謝経路に使われて、AHL合成に使われなかったのだろうか．
2.Improving Receiver
Design
File:Mut LuxRの感度アップグラフ mutated LuxRによって感度が上がったという論文があった[ref]．論文によれば1点にmutantをいれた場合〜〜．3点にmutantをいれた場合〜〜． 私たちは〜〜という理由から，そのうちの１点mutantと２点mutantを作った．
Experiment
File:作ったmut luxr 図のように１点＆２点にミュータントをいれたluxrをsite direct mutagenesisで作成した． これを＿＿プラスミドにいれた． ＿＿により感度を見た．
Result
- Ile45->Phe,Ser116->Alaの2か所の変異を入れたものは常にGFPを発現し続けるために、Swichingができなくなってしまった。
- 一か所変異を入れたものはwild typeのLuxRを発現するものよりも10倍ほど感度が上がった。
3.Aiia
（なんかいいタイトルないかな）
Design1
図のように，AHLのシグナルが入るとaiiaを合成するような回路を考えた．Marimo全体がAHL quencherとして働く．Marimoの内側でAHLを分解し、Marimoの外側のAHL濃度を抑える．
Experiment
Result
- BBa_T9002との比較ではGFPははじめ発現しないが、しばらくするとGFPが発現するようになる。
Discussion
- 発現し始めた時が、AHLの濃度がaiiAの分解能力を超えた時だと考えられる。
Design2
図のようにインバーターをかませた．高い濃度ではaiiAが発現しないためAHLは分解されない．AHLが低い濃度ではaiiAが発現しAHLを分解する．よってマリモの中心付近ではAHLを分解せず，外側へ行くと分解される．
