Chiba/Quorum Sensing
From 2007.igem.org
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（マリモのサイズをコントロールしたい/しなくてはならない：どっち？）マリモのサイズをコントロールする為にはAHLの届く範囲をコントロールできればよい．Since produced AHL diffuses all around the bacteria culture, all receivers can ultimately aggregate to one huge marimo with their sticky hands. This final state is not the case of real marimos. Thus our idea for controlling the size of Bacteria Marimos is based on the high performance quorum sensing or AHL-diffusing inhibition. | （マリモのサイズをコントロールしたい/しなくてはならない：どっち？）マリモのサイズをコントロールする為にはAHLの届く範囲をコントロールできればよい．Since produced AHL diffuses all around the bacteria culture, all receivers can ultimately aggregate to one huge marimo with their sticky hands. This final state is not the case of real marimos. Thus our idea for controlling the size of Bacteria Marimos is based on the high performance quorum sensing or AHL-diffusing inhibition. | ||
*AHLの届く範囲をコントロールするために以下の３つの方法を考えた： | *AHLの届く範囲をコントロールするために以下の３つの方法を考えた： | ||
| - | *# | + | *#Raise the AHL productivity of Sender |
| - | *# | + | *#Increase the AHL sensitivity of Receiver |
| - | *# | + | *#Use the AHL quencher aiiA to localize AHL |
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Revision as of 18:38, 26 October 2007
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Introduction | Project Design ( 1.Sticky Hands | 2.Communication | 3.Size Control ) | Making Marimos | Our Goal || Team Members | メンバ連絡簿 |
Size Control: Our Aim
（マリモのサイズをコントロールしたい/しなくてはならない：どっち？）マリモのサイズをコントロールする為にはAHLの届く範囲をコントロールできればよい．Since produced AHL diffuses all around the bacteria culture, all receivers can ultimately aggregate to one huge marimo with their sticky hands. This final state is not the case of real marimos. Thus our idea for controlling the size of Bacteria Marimos is based on the high performance quorum sensing or AHL-diffusing inhibition.
- AHLの届く範囲をコントロールするために以下の３つの方法を考えた：
- Raise the AHL productivity of Sender
- Increase the AHL sensitivity of Receiver
- Use the AHL quencher aiiA to localize AHL
1.Improving Sender
Design
AHL is synthesized from methionine by the enzyme MetK and LuxI.
We thought combined overexpression of these 2 genes enhances the sender capacity.
AHLはFig.2のpathwayで合成されている．AHLを増加させるためにMetKを過剰発現させ，methionineを加えてみる。
Experiment
Sender
- Synthesize AHL constantly
metK Sender
- Synthesize AHL and express metK constantly
Receiver
Result
No difference seen.
Discussion
- 合成されたS-adenosyl Methionineがほかの代謝経路に使われて、AHL合成に使われなかったのだろうか．
2.Improving Receiver
Design
Collins et al described the hyper-sensitive variants of luxR to AHL :(ref).
We created two types of sensitive luxR mutants.
Experiment
File:作ったmut luxr
sensitive luxR mutants の性能を以下の２つの方法で評価した。
Result
- mutant(I45F,S116A)はAHLを添加しなくてもGFPを発現した。
- mutant(I45F)はwild typeよりもGFPの発現が多くなった。(AHL 10nM)
mLuxRの論文引用したら？ by tashiro
3.Aiia
（なんかいいタイトルないかな）
Controlling outlineとか･･･ダサい？by tashiro
最後に梅野さん達がつくったpptがあったように、Localizing AHL とかでは？by toyotaro
Design1
AiiA expression is regulated by pLac, it express constantly and inactivate AHL.
Experiment
1.Inoculate E.coli carries this aiiA receiver plasmid in Liquid Media. 2.At the same time, inoculate AHL sender E.coli in Liquid Media. 3.Dilute receiver cells and spread on agar plate, and spot sender 1μL. Incubate at 37℃ 4.Check plate.(GFP expressed?)
Result
GFP dose not expressed on the plate. File:Aiia conc image
Discussion
Excessive amounts of aiiA is expressed to generate concentration gradient. We expected aiiA express more moderate to make it.
Design2
図のように，AHLのシグナルが入るとaiiaを合成するような回路を考えた．Marimo全体がAHL quencherとして働く．Marimoの内側でAHLを分解し、Marimoの外側のAHL濃度の上昇を抑える．
Experiment
Result
- BBa_T9002との比較ではGFPははじめ発現しないが、しばらくするとGFPが発現するようになる。
(Assumption:GFPは細胞内で分解されにくいからではないだろうか）
Discussion
- 発現し始めた時が、AHLの濃度がaiiAの分解る能力を超えた時だと考えられる。
Design3
図のようにインバーターをかませた．高い濃度ではaiiAが発現しないためAHLは分解されない．AHLが低い濃度ではaiiAが発現しAHLを分解する．よってマリモの中心付近ではAHLを分解せず，外側へ行くと分解される．
Experiment
このパーツを作ろうとしたが、inverterを組み合わせた時点で終わってしまった。
Subpart:BBa_S03840
