Chiba/Quorum Sensing

From 2007.igem.org

< Chiba
Revision as of 17:02, 26 October 2007 by Tashiro (Talk | contribs)

Chiba logo.png

Introduction | Project Design ( 1.Sticky Hands | 2.Communication | 3.Size Control ) | Making Marimos | Our Goal || Team Members | メンバ連絡簿


Size Control: Our Aim

Fig1.AHL concentration gradient.

(マリモのサイズをコントロールしたい/しなくてはならない:どっち?)マリモのサイズをコントロールする為にはAHLの届く範囲をコントロールできればよい.

  • AHLの届く範囲をコントロールするために以下の3つの方法を考えた:
    1. SenderのAHL生産能力をあげる
    2. ReceiverのAHL感受性をあげる
    3. AHL分解酵素aiiAを使う


1.Improving Sender

Design

AHL is synthesized from methionine via metK and luxI.
We thought combined overexpression of these 2 genes enhances the sender capacity.

AHLはFig.2のpathwayで合成されている.AHLを増加させるためにMetKを過剰発現させ,methionineを加えてみる。

Fig.2


Experiment

Chiba AHL test 02.jpg

Result

No difference seen.
AHL test photo 01.jpg AHL test photo 02.jpg

Discussion

  • 合成されたS-adenosyl Methionineがほかの代謝経路に使われて、AHL合成に使われなかったのだろうか.


2.Improving Receiver

Design

File:Mut LuxRの感度アップグラフ
Collins et al described the hyper-sensitive variants of luxR to AHL :(ref).
We created two types of sensitive luxR mutants.

Experiment

File:作ったmut luxr
sensitive luxR mutants の性能を以下の2つの方法で評価した。

Result

  • mutant(I45F,S116A)はAHLを添加しなくてもGFPを発現した。

Two mutation.jpg

  • mutant(I45F)はwild typeよりもGFPの発現が多くなった。(AHL 10nM)


mLuxRの論文引用したら? by tashiro

3.Aiia

(なんかいいタイトルないかな) Shrap sphereとか・・・by tashiro

Design1

Plux aiiA.jpg
図のように,AHLのシグナルが入るとaiiaを合成するような回路を考えた.Marimo全体がAHL quencherとして働く.Marimoの内側でAHLを分解し、Marimoの外側のAHL濃度を抑える.

Experiment

Result

  • BBa_T9002との比較ではGFPははじめ発現しないが、しばらくするとGFPが発現するようになる。

Discussion

  • 発現し始めた時が、AHLの濃度がaiiAの分解る能力を超えた時だと考えられる。

Design2

Rec inv aiia.jpg
図のようにインバーターをかませた.高い濃度ではaiiAが発現しないためAHLは分解されない.AHLが低い濃度ではaiiAが発現しAHLを分解する.よってマリモの中心付近ではAHLを分解せず,外側へ行くと分解される.

Experiment

このパーツを作ろうとしたが、inverterを組み合わせた時点で終わってしまった。

Subpart:BBa_S03840 S03840.jpg