Tokyo Tech

From 2007.igem.org

(Difference between revisions)
Line 5: Line 5:
-
|width="450px" valign="top" |  
+
|width="400px" valign="top" |  
<h1> ''' 1,[[Tokyo/Project |Project]]''' </h1>
<h1> ''' 1,[[Tokyo/Project |Project]]''' </h1>
Line 22: Line 22:
<br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg]]
<br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg]]
-
|width="450px" valign="top" |
+
|width="500px" valign="top" |
<h1>'''2,[[Tokyo/Works |Works]]'''</h1>
<h1>'''2,[[Tokyo/Works |Works]]'''</h1>
Line 31: Line 31:
====0.Wet====
====0.Wet====
 [[Tokyo/Hybrid promoter |New part development:Hybrid promoter]]
 [[Tokyo/Hybrid promoter |New part development:Hybrid promoter]]
 +
PBとして、2つの入力を受けるプロモータを開発する必要があった
 +
<br>図 概念図、配列とグラフ図
====1.Dry====
====1.Dry====
 [[Tokyo/Formulation |Formulation]]   
 [[Tokyo/Formulation |Formulation]]   
 +
リプレッサーA,B,シグナル分子Sの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった
 +
<br>図 3つの式
====2.Wet====
====2.Wet====
 [[Tokyo/Assay |Assay]]  
 [[Tokyo/Assay |Assay]]  
 +
新しいパーツであるハイブリッドプロモータに関して、大腸菌を用いた実験から、2つの入力それぞれに対するHill係数を求めた。
 +
<br>図大腸菌の絵、FLAの絵、フィッティングのグラフ
 +
   
   
====3.Dry====
====3.Dry====
 [[Tokyo/Simulation |Simulation]]
 [[Tokyo/Simulation |Simulation]]
 +
wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。
 +
<br>
====4.Wet====
====4.Wet====
 [[Tokyo/Assay |Assay]]  
 [[Tokyo/Assay |Assay]]  
 +
Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。
 +
<br>
====5.Future works====
====5.Future works====

Revision as of 18:06, 20 October 2007

Homepage1.JPG


1,Project

Concept: Ant society and Pareto's principle
Model : Bacterial society that follows Pareto's principle Homepage3.jpg


Requirements: bistability and cell-cell communication

Genetic circuit:
Tokyo genetic circuit s.jpg


Simulation using parameters from our wet experiments:
Tokyo simulation s2.jpg

2,Works

Approach

0.Wet

 New part development:Hybrid promoter PBとして、2つの入力を受けるプロモータを開発する必要があった
図 概念図、配列とグラフ図

1.Dry

 Formulation リプレッサーA,B,シグナル分子Sの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった
図 3つの式

2.Wet

 Assay 新しいパーツであるハイブリッドプロモータに関して、大腸菌を用いた実験から、2つの入力それぞれに対するHill係数を求めた。
図大腸菌の絵、FLAの絵、フィッティングのグラフ


3.Dry

 Simulation wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。

4.Wet

 Assay Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。

5.Future works

3,Achievements


Hybrid promoter
Bistability analysis
Others













4,About our team


Students
Satoru Akama | Kenichiro Iwasaki | Hiroki Kawahara | Hajime Nakatani

Advisors: Last year's member
Syotarou Ayukawa | Akio Kobayashi

Instructors
[http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Daisuke Kiga] | [http://www.es.dis.titech.ac.jp/ Masayuki Yamamura] | [http://nicosia.is.s.u-tokyo.ac.jp/~hagiya/ Masami Hagiya] | [http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Masahiko Uchiyama]

Links sunaba