Tokyo Tech
From 2007.igem.org
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===[[Tokyo/Approach |Approach]]:WetとDryを交互に行った。=== | ===[[Tokyo/Approach |Approach]]:WetとDryを交互に行った。=== | ||
===2-0.Wet=== | ===2-0.Wet=== | ||
| - | + | [[Tokyo/Hybrid promoter|Hybrid promoter]]: | |
New part development:Hybrid promoterPBとして、2つの入力を受けるプロモータを開発する必要があった | New part development:Hybrid promoterPBとして、2つの入力を受けるプロモータを開発する必要があった | ||
<br>図 概念図、配列とグラフ図 | <br>図 概念図、配列とグラフ図 | ||
===2-1.Dry=== | ===2-1.Dry=== | ||
| - | + | [[Tokyo/Formulation |Formulation]]: | |
リプレッサーＡ，Ｂ，シグナル分子Ｓの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった | リプレッサーＡ，Ｂ，シグナル分子Ｓの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった | ||
<br>図 3つの式 | <br>図 3つの式 | ||
===2-2.Wet=== | ===2-2.Wet=== | ||
| - | + | [[Tokyo/Assay |Assay]]: | |
新しいパーツであるハイブリッドプロモータに関して、大腸菌を用いた実験から、2つの入力それぞれに対するHill係数を求めた。 | 新しいパーツであるハイブリッドプロモータに関して、大腸菌を用いた実験から、2つの入力それぞれに対するHill係数を求めた。 | ||
<br>図大腸菌の絵、FLAの絵、フィッティングのグラフ | <br>図大腸菌の絵、FLAの絵、フィッティングのグラフ | ||
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===2-3.Dry=== | ===2-3.Dry=== | ||
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wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。 | wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。 | ||
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===2-4.Wet=== | ===2-4.Wet=== | ||
| - | + | [[Tokyo/Assay |Assay]]: | |
Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。 | Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。 | ||
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Revision as of 20:08, 20 October 2007
1,ProjectConcept: Ant society and Pareto's principleModel : Bacterial society that follows Pareto's principle
Requirements: bistability and cell-cell communicationGenetic circuit:Quorum Sensing
Simulation:using parameters from our wet experiments
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2,WorksApproach:WetとDryを交互に行った。2-0.WetHybrid promoter:
New part development:Hybrid promoterPBとして、2つの入力を受けるプロモータを開発する必要があった
2-1.DryFormulation:
リプレッサーＡ，Ｂ，シグナル分子Ｓの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった
2-2.WetAssay:
新しいパーツであるハイブリッドプロモータに関して、大腸菌を用いた実験から、2つの入力それぞれに対するHill係数を求めた。
2-3.DrySimulation:
wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。
2-4.WetAssay:
Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。
2-5.Future works3,Achievements
4,About our team
Advisors: Last year's member
Instructors
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