Tokyo Tech

From 2007.igem.org

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(Approach:We alternated approach of Wet and Dry.)
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===2-1.Dry :[[Tokyo/Formulation |Formulation]]===
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===2-1.Dry : [[Tokyo/Formulation |Formulation]]===
<!--リプレッサーA,B,シグナル分子Sの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった
<!--リプレッサーA,B,シグナル分子Sの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった
<br>図 3つの式
<br>図 3つの式
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===2-2.Wet===
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===2-2.Wet : [[Tokyo/Assay |Assay]]===
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====[[Tokyo/Assay |Assay]]====
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====We decided the parameter of hill coefficients by the assay of AHL & IPTG====
====We decided the parameter of hill coefficients by the assay of AHL & IPTG====
  <!--新しいパーツであるハイブリッドプロモータに関して、大腸菌を用いた実験から、2つの入力それぞれに対するHill係数を求めた。
  <!--新しいパーツであるハイブリッドプロモータに関して、大腸菌を用いた実験から、2つの入力それぞれに対するHill係数を求めた。
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[[Image:hill AHL.JPG|200px]]|[[Image:hill IPTG.JPG|200px]]
[[Image:hill AHL.JPG|200px]]|[[Image:hill IPTG.JPG|200px]]
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===2-3.Dry===
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===2-3.Dry : [[Tokyo/Simulation |Simulation]]===
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[[Tokyo/Simulation |Simulation]]:
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wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。
wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。
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<br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg|350px]]
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===2-4.Wet===
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===2-4.Wet : [[Tokyo/Assay |Assay]]===
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Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。
Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。
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Revision as of 04:58, 21 October 2007

Tokyotech3.JPG

1,Project

Concept: Ant society and Pareto's principle


Ant society.JPG

Model : Bacterial society that follows Pareto's principle


TOP.JPG

Requirements: bistability and cell-cell communication


Bistability.JPG
Coexistence.JPG

Genetic circuit:Quorum Sensing


Tokyo genetic circuit s.jpg

Our construction parts are Here!!!

2,Works

Approach:We alternated approach of Wet and Dry.

2-0.Wet : Hybrid promoter

We need to develop the promoter that can receive two input,AHL & reperssor.We tryed to create and successed!!

Hybrid.JPG

2-1.Dry : Formulation

2-2.Wet : Assay

We decided the parameter of hill coefficients by the assay of AHL & IPTG

Hill AHL.JPG|Hill IPTG.JPG

2-3.Dry : Simulation

wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。

Tokyo simulation s2.jpg

2-4.Wet : Assay

Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。

2-5.Future works

3,About our team


Students
Satoru Akama | Kenichiro Iwasaki | Hiroki Kawahara | Hajime Nakatani

Advisors: Last year's member
Syotarou Ayukawa | Akio Kobayashi

Instructors
Daisuke Kiga | Masayuki Yamamura | Masami Hagiya | Masahiko Uchiyama

Links sunaba