Tokyo/Formulation

From 2007.igem.org

Revision as of 11:48, 21 October 2007

1.toggle model

＜イントロ＞ まずは，次元をもっていない単純な式で定性的な振る舞いをみてみる． その結果，安定点が１つのときと２つのときがある．我々が求めているモデルはA状態とB状態をとる必要があるので， 安定点が二つのときである．bistalbeになるには，パラメータにおいて，合成rateの強さ比とヒル係数が重要であることが分かった．

2.toggle model with hybrid promoter

＜イントロ＞ ハイブリットプロモータを式に入れ込む必要がある． トグルの抑制項に加えてAHLによってactivateされる項が加わる． これにより，AHL量によって相平面変化するようになる． AHL量が少ないときはmonoで多いときトグルと同じになりbiになる．

3.AHL-experssing model

＜イントロ＞ 今度は，大腸菌の中からAHLを作り出す系に拡張．より本物に近づいてきている． これにより，相平面が新たなパラメータλによって変化するのがわかる. bistableになるにはある値以上のλでなければならない．

4.population model

＜イントロ＞ １個体から複数個体に拡張．さらに，n個体での相平面解析とシミュレーションを行った．

AHLの式はfreelyと仮定して，大腸菌内と外とを区別していない．この式で十分現象は表せてる．

しかし，これは 次元をもったちゃんとした式．

ただし，deterministicなため全個体同じ動き．我々のモデルはこれではみれない． stochasticなシミュレーションが要求される．

5.poisson stochastic differential equation model