Tokyo/Works/Simulation

From 2007.igem.org

< Tokyo/Works
Revision as of 21:36, 25 October 2007 by Akama (Talk | contribs)


Works top　　0.Hybrid promoter　　1.Formulation　　2.Assay1　　3.Simulation　　4.Assay2　　5.Future works


What we have found so far

Wet experiments have determined Hill coefficients, coefficients of repression and activation of AHL and LacI（n2,n3,k2,k3) as follows.


n2 = 2.08 (-)
K2 = 4.05 (μM)
n3 = 2.47 (-)
K3 = 0.295 (μM)

共存安定になるようなパラメータ範囲の提示

共存安定状態の例

パラメータλの値によって，AとBが共存して安定する場合と，Aのみ，Bのみになってしまう3つのパターンが生じる． それぞれのパターンについてシミュレーション結果を示すといFig.1-3のようになる．

Fig.1.A 　t=0.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.1.B 　t=3.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.1.C 　 t=30(min)　only A

⇒ movie here!!

Fig.2.A 　t=0.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.2.B 　t=3.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.2.C 　 t=30(min) A and B are coexistence!!

⇒ movie here!!

Fig.3.A 　t=0.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.3.B 　t=3.0(min)
Arrow2.JPG
Fig.3.C 　 t=30(min)　only B

⇒ movie here!!


３パターンについて，nullclinesの交点が２つになる瞬間の相平面はFig.4.A-Cのようになる．

Fig.4.A
Fig.4.B
Fig.4.C


Fig.4.Aでは，平衡点が二つになった瞬間，cellsは中心付近の不安定平衡点よりA側に存在している． 逆に，Fig.4.Cでは，平衡点が二つになった瞬間，cellsは中心付近の不安定平衡点よりもB側に存在している． さらに，nullclineの交点が二つになった次の瞬間にはB側にも安定点が生じる． つまり，Fig.4の時点で，A側に存在している場合は不安定平衡点が障壁となり，そのまま全てのセルがA側に遷移する． 逆に，A側に存在している場合は不安定平衡点が障壁となり，そのまま全てのセルがA側に遷移する．

範囲の提示

Fig.4



Retrieved from "http://2007.igem.org/wiki/index.php/Tokyo/Works/Simulation"