Tokyo/Formulation
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まずは，次元をもっていない単純な式で定性的な振る舞いをみてみる． | まずは，次元をもっていない単純な式で定性的な振る舞いをみてみる． | ||
その結果，安定点が１つのときと２つのときがある．我々が求めているモデルはA状態とB状態をとる必要があるので， | その結果，安定点が１つのときと２つのときがある．我々が求めているモデルはA状態とB状態をとる必要があるので， | ||
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== [[Tokyo/Formulation/2.toggle model with hybrid promoter |2.toggle model with hybrid promoter ]] == | == [[Tokyo/Formulation/2.toggle model with hybrid promoter |2.toggle model with hybrid promoter ]] == | ||
Revision as of 11:38, 21 October 2007
Contents |
1.toggle model
＜イントロ＞ まずは，次元をもっていない単純な式で定性的な振る舞いをみてみる． その結果，安定点が１つのときと２つのときがある．我々が求めているモデルはA状態とB状態をとる必要があるので， 安定点が二つのときである．bistalbeになるには，パラメータにおいて，合成rateの強さ比とヒル係数が重要であることが分かった．
2.toggle model with hybrid promoter
＜イントロ＞ ハイブリットプロモータを式に入れ込む必要がある． トグルの抑制項に加えてAHLによってactivateされる項が加わる． これにより相平面がAHLに依存する． 結果，AHLがある量以上ないとbistableにならないことが分かる．
3.AHL-experssing model
＜イントロ＞ 今度は，大腸菌の中からAHLを作り出す系に拡張．より本物に近づいてきている． これにより，相平面が新たなパラメータλによって変化するのがわかる. bistableになるにはある値以上のλでなければならない．
4.population model
＜イントロ＞ １個体から複数個体に拡張．さらに，n個体での相平面解析とシミュレーションを行った．
AHLの式はfreelyと仮定して，大腸菌内と外とを区別していない．この式で十分現象は表せてる．
しかし，これは 次元をもったちゃんとした式．
ただし，deterministicなため全個体同じ動き．我々のモデルはこれではみれない． stochasticなシミュレーションが要求される．
