Tokyo/Formulation

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Contents

1.toggle model

<イントロ> まずは,次元をもっていない単純な式で定性的な振る舞いをみてみる. その結果,安定点が1つのときと2つのときがある.我々が求めているのは安定点が二つのとき.

<中身> (相平面解析) パラメータによって相平面が変わり,平衡点が1つのときと3つのときがある. 平衡点が3つのときbistableになり,A状態,B状態ができる. (シミュレーション) 初期値を安定点付近から始めるとちゃんとそのまま安定してるよ

2.toggle model with hybrid promoter

ahlの項が入ることにより,相平面がAHLの量に依存. パラメターの他にAHL量もbistableをとる大切なポイントになる. ある一定量AHLがないとbistableにならない.

3.AHL-experssing model

3本目の微分方程式が入ることにより,新たなパラメターλが出てくる. このλの値によって相平面が変化する. AHLの式はfreelyと仮定して,大腸菌内と外とを区別していない.これで十分.

4.population model

次元をもったちゃんとした式.

1個体から複数個体にする.これにより,個体数Nの影響がでてくる. AHLの量がごっと増える.

ただし,deterministicなため全個体同じ動き.我々のモデルはこれではみれない. stochasticなシミュレーションが要求される.

5.poisson stochastic differential equation model