Tokyo/Formulation
From 2007.igem.org
Contents |
1.toggle model
＜イントロ＞ まずは，次元をもっていない単純な式で定性的な振る舞いをみてみる． その結果，安定点が１つのときと２つのときがある．我々が求めているのは安定点が二つのとき．
＜中身＞ （相平面解析） パラメータによって相平面が変わり，平衡点が１つのときと３つのときがある． 平衡点が３つのときbistableになり，A状態，B状態ができる． （シミュレーション） 初期値を安定点付近から始めるとちゃんとそのまま安定してるよ
2.toggle model with hybrid promoter
＜イントロ＞ ハイブリットプロモータを式に入れ込む必要がある． トグルの抑制項に加えてAHLによってactivateされる項が加わる． これにより相平面がAHLに依存する． 結果，AHLがある量以上ないとbistableにならないことが分かる．
＜中身＞ （相平面） ahlの項が入ることにより，相平面がAHLの量に依存． パラメターの他にAHL量もbistableをとる大切なポイントになる． ある一定量AHLがないとbistableにならない． （シミュレーション）
3.AHL-experssing model
＜イントロ＞ 今度は，大腸菌の中からAHLを作り出す系に拡張．より本物に近づいてきている． これにより，相平面が新たなパラメータλによって変化するのがわかる. bistableになるにはある値以上のλでなければならない．
＜中身＞
（相平面）
3本目の微分方程式が入ることにより,新たなパラメターλが出てくる.
このλの値によって相平面が変化する．
AHLの式はfreelyと仮定して，大腸菌内と外とを区別していない．この式で十分現象は表せてると思う．なんとなく．
4.population model
次元をもったちゃんとした式．
１個体から複数個体にする．これにより，個体数Nの影響がでてくる． AHLの量がごっと増える．
ただし，deterministicなため全個体同じ動き．我々のモデルはこれではみれない． stochasticなシミュレーションが要求される．
