Tokyo/Works
From 2007.igem.org
Abstract Concept & Model Requirements Genetic_circuit Works About_our_team
0. Hybrid promoter 1. Formulation 2. Assay1 3. Simulation 4. Assay2 5. Future works
以下Worksのアブストとなる文章に。上下との話のつながりも明記。
Approach
We have alternated/combined Wet and Dry experiments to achieve our goal
0. Wet : Hybrid promoter
First, the newly deviced promoter sensed the Two inputs is necessary for the Genetic_circuit.
We made hybrid promoter
前段階として、ハイブリッドプロモータの作成、及び機能確認実験を行った。ハイブリッドプロモータは２つの入力を受け取れるプロモータで我々の遺伝子回路を実装するのに必要なパーツである。今回必要な用途を満たしたものが存在しなかったので、配列から設計を行った。
1.Dry : Formulation
遺伝子回路を計算式で
簡単な式からわかることを導きながら、段階を経て今回必要な（←今回の遺伝子回路を実装するような）計算式を導出した。最終的な式では、確率微分方程式を用いている。未知のパラメータを求めることで、双安定、共存安定の解析を行うことができる。
From simple equations, the equations necessary for our model have been deviated step by step. In the final step a stochastic differential equation is used.
2.Wet : Assay1 using "Externally added" materials
１で建てた式に必要なパラメータを実験から求めた。この値を使い解析を進める。
We decided the parameter of hill coefficients by the assay of AHL & IPTG
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3.Dry : Simulation
2.wet実験で求められた値を用いて解析を行った。集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化し、続いて働き者と怠け者になることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。
Based on stochastic simulation using parameters obtained from our wet experiments, we have confirmed that the whole system becomes unstable when there are only idlers left, and then, they become either of workers and idlers. Also we have determined other parameters necessary for the desired behavior of this system.
4.Wet : Assay2 using "Cell-produced" AHL
By the wet experiments using E. coli, we testified whether our current plasmids can satisfy the other required conditions (for the desired behavior of the system) estimated by the simulation.
5.Future works
Based on the results from the wet experiments in the step 4, the next dry approach - analysis and simulation - should be performed, which will in turn be testified and confirmed by wet experiments. Continueing these processes, if time permits, would further sophisticate our model.
