Tokyo/sunaba

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===[[Tokyo/Requirements |Requirements]]:<br> bistability and cell-cell communication===
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===[[Tokyo/Genetic circuit|Genetic circuit with new part]]:===
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===[[Tokyo/simulation|Simulation]]:using parameters from our wet experiments ===
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====Our construction parts are [[Tokyo/construction|Here]]!!! ====
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===[[Tokyo/Approach |Approach]]:We alternated approach of Wet and Dry.===
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===2-0.Wet : [[Tokyo/Hybrid promoter|Hybrid promoter]]===
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====For our circuit, we developped the [[Tokyo/Hybrid promoter|promoter]] that can receive two input,AHL & reperssor.====
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<br>図　配列と棒グラフ
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===2-1.Dry : [[Tokyo/Formulation |Formulation]]===
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We wrote the Formulation
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<br>[[Image:Phaseplane3-1.jpg|200px|]][[Image:Phaseplane3-3.jpg|200px|]]
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<!--リプレッサーＡ，Ｂ，シグナル分子Ｓの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった
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<br>図　3つの式
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===2-2.Wet : [[Tokyo/Assay |Assay]]===
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====We decided the parameter of hill coefficients by the assay of AHL & IPTG====
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<!--新しいパーツであるハイブリッドプロモータに関して、大腸菌を用いた実験から、2つの入力それぞれに対するHill係数を求めた。
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<br>図大腸菌の絵、FLAの絵、フィッティングのグラフ
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[[Image:hill AHL.JPG|200px]]|[[Image:hill IPTG.JPG|200px]]
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<br>ns=2.3  nb=2.7
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===2-3.Dry : [[Tokyo/Simulation |Simulation]]===
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wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。
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<br>（誰かの提案）最終日に動画と差し替え？？
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<br>（木賀）はい、動画ではなくても、左カラムとは別の図にしましょう。
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<br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg|350px]]
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===2-4.Wet : [[Tokyo/Assay |Assay]]===
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<!--====We determined the feasibility test of this ====-->
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Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。
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===2-5.Future works===
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<br>[[Tokyo/Hybrid promoter |Hybrid promoter ]]
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<br>[[Tokyo/Bistability analisis|Bistability analysis]]
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<br>[[Tokyo/Others |Others ]]
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<h1> '''3,[[Tokyo/About our team |About our team ]]'''</h1>
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'''Students'''
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<br>[[Tokyo/Satoru Akama |Satoru Akama ]] | [[Tokyo/Kenichiro Iwasaki |Kenichiro Iwasaki]] | [[Tokyo/Hiroki Kawahara |Hiroki Kawahara ]] | [[Tokyo/Hajime Nakatani|Hajime Nakatani]]
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'''Advisors: Last year's member '''
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<br>[[Tokyo/Syotarou Ayukawa |Syotarou Ayukawa ]] | [[Tokyo/Akio Kobayashi|Akio Kobayashi ]]
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'''Instructors'''
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<br>[http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Daisuke Kiga] | [http://www.es.dis.titech.ac.jp/ Masayuki Yamamura] | [http://nicosia.is.s.u-tokyo.ac.jp/~hagiya/ Masami Hagiya] | [http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Masahiko Uchiyama]
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Latest revision as of 19:12, 21 October 2007

砂場。


Homepage1.JPG

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1,Project summary

Concept& model: Bacterial society that follows Pareto's principle like ant society


TOP.JPG
（木賀）ここに文字を入れると左カラムが間延びするのでよくない。図に少し説明入れて、文章はクリックしたら出るようにするべきか。それとも2カラム制をあきらめる？In the worker ants, we can find true workers and idlers even though they have the same genome. In the abscence of the ture workers, a part of idlers become the true worker. We tried to construct such society of bacteria.

Requirements:
bistability and cell-cell communication

Genetic circuit with new part:


Tokyo genetic circuit s.jpg

Simulation:using parameters from our wet experiments


Tokyo simulation s2.jpg

Our construction parts are Here!!!

2,Works

Approach:We alternated approach of Wet and Dry.

2-0.Wet : Hybrid promoter

For our circuit, we developped the promoter that can receive two input,AHL & reperssor.


図　配列と棒グラフ

Hybrid.JPG

2-1.Dry : Formulation

We wrote the Formulation



Expression3-1.jpgAHLresponse2-2.jpg
Phaseplane3-1.jpgPhaseplane3-3.jpg

2-2.Wet : Assay

We decided the parameter of hill coefficients by the assay of AHL & IPTG

Hill AHL.JPG|Hill IPTG.JPG
ns=2.3 nb=2.7

2-3.Dry : Simulation

wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。
（誰かの提案）最終日に動画と差し替え？？
（木賀）はい、動画ではなくても、左カラムとは別の図にしましょう。


Tokyo simulation s2.jpg

2-4.Wet : Assay

Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。

2-5.Future works

3,About our team


Students
Satoru Akama | Kenichiro Iwasaki | Hiroki Kawahara | Hajime Nakatani

Advisors: Last year's member
Syotarou Ayukawa | Akio Kobayashi

Instructors
[http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Daisuke Kiga] | [http://www.es.dis.titech.ac.jp/ Masayuki Yamamura] | [http://nicosia.is.s.u-tokyo.ac.jp/~hagiya/ Masami Hagiya] | [http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Masahiko Uchiyama]

Links sunaba

Homepage1.JPG


Project

Concept: Ant society and Pareto's principle
Model : Bacterial society that follows Pareto's principle Homepage3.jpg
Requirements: bistability and cell-cell communication

Experiments

Wet

Construction / Assay

Dry

Analysis / Simulation


Achievements

About our team


Students
Satoru Akama | Kenichiro Iwasaki | Hiroki Kawahara | Hajime Nakatani

Advisors: Last year's member
Syotarou Ayukawa | Akio Kobayashi

Instructors
[http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Daisuke Kiga] | [http://www.es.dis.titech.ac.jp/ Masayuki Yamamura] | [http://nicosia.is.s.u-tokyo.ac.jp/~hagiya/ Masami Hagiya] | [http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Masahiko Uchiyama]

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sunaba2

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