Tokyo/sunaba
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| - | <h1> ''' 1,[[Tokyo/Project |Project]]''' </h1> | + | <h1> ''' 1,[[Tokyo/Project |Project summary]]''' </h1> |
===[[Tokyo/Concept |Concept& model]]: Bacterial society that follows Pareto's principle like ant society=== | ===[[Tokyo/Concept |Concept& model]]: Bacterial society that follows Pareto's principle like ant society=== | ||
<!-- <br>[[Image:Ant society.JPG|350px]]--> | <!-- <br>[[Image:Ant society.JPG|350px]]--> | ||
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<!-- ===[[Tokyo/Model |Model ]]: Bacterial society that follows Pareto's principle=== --> | <!-- ===[[Tokyo/Model |Model ]]: Bacterial society that follows Pareto's principle=== --> | ||
<br>[[Image:TOP.JPG|350px]] | <br>[[Image:TOP.JPG|350px]] | ||
| + | <br> （木賀）ここに文字を入れると左カラムが間延びするのでよくない。図に少し説明入れて、文章はクリックしたら出るようにするべきか。それとも2カラム制をあきらめる？In the worker ants, we can find true workers and idlers even though they have the same genome. In the abscence of the ture workers, a part of idlers become the true worker. We tried to construct such society of bacteria. | ||
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| + | ===[[Tokyo/Requirements |Requirements]]:<br> bistability and cell-cell communication=== | ||
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<!-- <br>[[Image:Bistability.JPG|300px]]--> | <!-- <br>[[Image:Bistability.JPG|300px]]--> | ||
<!-- <br>[[Image:Coexistence.JPG|350px]]--> | <!-- <br>[[Image:Coexistence.JPG|350px]]--> | ||
| - | ===[[Tokyo/Genetic circuit|Genetic circuit]]: | + | ===[[Tokyo/Genetic circuit|Genetic circuit with new part]]:=== |
<br>[[Image:Tokyo_genetic circuit_s.jpg|350px]] | <br>[[Image:Tokyo_genetic circuit_s.jpg|350px]] | ||
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===[[Tokyo/simulation|Simulation]]:using parameters from our wet experiments === | ===[[Tokyo/simulation|Simulation]]:using parameters from our wet experiments === | ||
<br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg|350px]] | <br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg|350px]] | ||
| - | + | ====Our construction parts are [[Tokyo/construction|Here]]!!! ==== | |
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| - | ==== | + | ====For our circuit, we developped the [[Tokyo/Hybrid promoter|promoter]] that can receive two input,AHL & reperssor.==== |
| + | <br>図 配列と棒グラフ | ||
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<!--New part development:Hybrid promoterPBとして、2つの入力を受けるプロモータを開発する必要があった | <!--New part development:Hybrid promoterPBとして、2つの入力を受けるプロモータを開発する必要があった | ||
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--> | --> | ||
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[[Image:Hybrid.JPG|200px|]] | [[Image:Hybrid.JPG|200px|]] | ||
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===2-1.Dry : [[Tokyo/Formulation |Formulation]]=== | ===2-1.Dry : [[Tokyo/Formulation |Formulation]]=== | ||
| - | We | + | We wrote the Formulation |
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| + | <br>[[Image:expression3-1.jpg|200px|]][[Image:AHLresponse2-2.jpg|200px|]] | ||
| + | <br>[[Image:Phaseplane3-1.jpg|200px|]][[Image:Phaseplane3-3.jpg|200px|]] | ||
<!--リプレッサーＡ，Ｂ，シグナル分子Ｓの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった | <!--リプレッサーＡ，Ｂ，シグナル分子Ｓの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった | ||
<br>図 3つの式 | <br>図 3つの式 | ||
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--> | --> | ||
[[Image:hill AHL.JPG|200px]]|[[Image:hill IPTG.JPG|200px]] | [[Image:hill AHL.JPG|200px]]|[[Image:hill IPTG.JPG|200px]] | ||
| + | <br>ns=2.3 nb=2.7 | ||
===2-3.Dry : [[Tokyo/Simulation |Simulation]]=== | ===2-3.Dry : [[Tokyo/Simulation |Simulation]]=== | ||
wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。 | wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。 | ||
| - | + | <br>（誰かの提案）最終日に動画と差し替え？？ | |
| - | <br> | + | <br>（木賀）はい、動画ではなくても、左カラムとは別の図にしましょう。 |
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<br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg|350px]] | <br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg|350px]] | ||
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Latest revision as of 19:12, 21 October 2007
砂場。
1,Project summaryConcept& model: Bacterial society that follows Pareto's principle like ant society
Requirements:
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2,WorksApproach:We alternated approach of Wet and Dry.2-0.Wet : Hybrid promoter
2-1.Dry : FormulationWe wrote the Formulation
2-2.Wet : AssayWe decided the parameter of hill coefficients by the assay of AHL & IPTG
2-3.Dry : Simulationwet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。
2-4.Wet : AssaySimulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。
2-5.Future works3,About our team
Advisors: Last year's member
Instructors
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