Tokyo/sunaba

From 2007.igem.org

(Difference between revisions)
Line 1: Line 1:
砂場。
砂場。
 +
 +
 +
<!--[[Image:homepage1.JPG]]-->
 +
[[Image:homepage1.JPG|700px]]
 +
__NOTOC__
 +
{| cellspacing="5"
 +
 +
 +
|width="400px" valign="top" |
 +
<h1> ''' 1,[[Tokyo/Project |Project]]''' </h1>
 +
===[[Tokyo/Concept |Concept& model]]: Bacterial society that follows Pareto's principle like ant society===
 +
<!-- <br>[[Image:Ant society.JPG|350px]]-->
 +
 +
<!-- ===[[Tokyo/Model |Model ]]: Bacterial society that follows Pareto's principle=== -->
 +
<br>[[Image:TOP.JPG|350px]]
 +
 +
===[[Tokyo/Requirements |Requirements]]:===
 +
<br> bistability and cell-cell communication
 +
<!-- <br>[[Image:Bistability.JPG|300px]]-->
 +
<!-- <br>[[Image:Coexistence.JPG|350px]]-->
 +
 +
===[[Tokyo/Genetic circuit|Genetic circuit]]:Quorum Sensing===
 +
<br>[[Image:Tokyo_genetic circuit_s.jpg|350px]]
 +
====Our construction parts are [[Tokyo/construction|Here]]!!! ====
 +
<!--
 +
===[[Tokyo/simulation|Simulation]]:using parameters from our wet experiments ===
 +
 +
<br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg|350px]]
 +
-->
 +
|width="500px" valign="top" |
 +
 +
<h1>'''2,[[Tokyo/Works |Works]]'''</h1>
 +
<!--<h1> ''' [[Tokyo/Experiments |Experiments]]''' </h1>-->
 +
<!--[[Image:homepage4.jpg]]-->
 +
 +
===[[Tokyo/Approach |Approach]]:We alternated approach of Wet and Dry.===
 +
 +
===2-0.Wet : [[Tokyo/Hybrid promoter|Hybrid promoter]]===
 +
{| cellspacing="5"
 +
|width="350px" valign="top" |
 +
 +
====We need to develop the promoter that can receive two input,AHL & reperssor.We tryed to create and [[Tokyo/Hybrid promoter|successed]]!! ====
 +
<!--New part development:Hybrid promoterPBとして、2つの入力を受けるプロモータを開発する必要があった
 +
<br>図　概念図、配列とグラフ図
 +
-->
 +
|width="150px" valign="top" |
 +
[[Image:Hybrid.JPG|200px|]]
 +
|}
 +
 +
===2-1.Dry : [[Tokyo/Formulation |Formulation]]===
 +
We writed the Formulation
 +
<!--リプレッサーＡ，Ｂ，シグナル分子Ｓの時間変化を式として表し、安定性解析を行った結果、Hill係数が大切であることがわかった
 +
<br>図　3つの式
 +
-->
 +
 +
===2-2.Wet : [[Tokyo/Assay |Assay]]===
 +
 +
====We decided the parameter of hill coefficients by the assay of AHL & IPTG====
 +
<!--新しいパーツであるハイブリッドプロモータに関して、大腸菌を用いた実験から、2つの入力それぞれに対するHill係数を求めた。
 +
<br>図大腸菌の絵、FLAの絵、フィッティングのグラフ
 +
-->
 +
[[Image:hill AHL.JPG|200px]]|[[Image:hill IPTG.JPG|200px]]
 +
 +
===2-3.Dry : [[Tokyo/Simulation |Simulation]]===
 +
 +
wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。
 +
<!--最終日に動画と差し替え？？-->
 +
<br>
 +
<br>[[Image:Tokyo_simulation_s2.jpg|350px]]
 +
 +
===2-4.Wet : [[Tokyo/Assay |Assay]]===
 +
<!--====We determined the feasibility test of this ====-->
 +
Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。
 +
<br>
 +
 +
===2-5.Future works===
 +
 +
 +
 +
 +
<!--
 +
<h1> '''3,[[Tokyo/Achievements |Achievements ]]'''</h1>
 +
 +
<br>[[Tokyo/Hybrid promoter |Hybrid promoter ]]
 +
<br>[[Tokyo/Bistability analisis|Bistability analysis]]
 +
<br>[[Tokyo/Others |Others ]]
 +
-->
 +
 +
<h1> '''3,[[Tokyo/About our team |About our team ]]'''</h1>
 +
<!--[[Image:team photo.jpg]] -->
 +
 +
 +
'''Students'''
 +
<br>[[Tokyo/Satoru Akama |Satoru Akama ]] | [[Tokyo/Kenichiro Iwasaki |Kenichiro Iwasaki]] | [[Tokyo/Hiroki Kawahara |Hiroki Kawahara ]] | [[Tokyo/Hajime Nakatani|Hajime Nakatani]]
 +
 +
'''Advisors: Last year's member '''
 +
<br>[[Tokyo/Syotarou Ayukawa |Syotarou Ayukawa ]] | [[Tokyo/Akio Kobayashi|Akio Kobayashi ]]
 +
 +
'''Instructors'''
 +
<br>[http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Daisuke Kiga] | [http://www.es.dis.titech.ac.jp/ Masayuki Yamamura] | [http://nicosia.is.s.u-tokyo.ac.jp/~hagiya/ Masami Hagiya] | [http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Masahiko Uchiyama]
 +
 +
'''Links'''
 +
[[Tokyo/sunaba |sunaba ]]
 +
 +
[[Image:homepage1.JPG]]
[[Image:homepage1.JPG]]

Revision as of 08:56, 21 October 2007

砂場。


Homepage1.JPG

1,Project

Concept& model: Bacterial society that follows Pareto's principle like ant society


TOP.JPG

Requirements:


bistability and cell-cell communication

Genetic circuit:Quorum Sensing


Tokyo genetic circuit s.jpg

Our construction parts are Here!!!

2,Works

Approach:We alternated approach of Wet and Dry.

2-0.Wet : Hybrid promoter

We need to develop the promoter that can receive two input,AHL & reperssor.We tryed to create and successed!!

Hybrid.JPG

2-1.Dry : Formulation

We writed the Formulation

2-2.Wet : Assay

We decided the parameter of hill coefficients by the assay of AHL & IPTG

Hill AHL.JPG|Hill IPTG.JPG

2-3.Dry : Simulation

wet実験で求められたパラメータを用いて、集団が怠け者の細胞のみとなった場合に、一度不安定化して、続いて働き者と怠け者になれることをStocastic Simulationで確認した。このシステムの挙動に必要な他のパラメータ範囲が判明した。

Tokyo simulation s2.jpg

2-4.Wet : Assay

Simulationを満たすための他のパラメータが現在のプラスミドで可能であるかを、大腸菌を用いた実験で確認した。

2-5.Future works

3,About our team


Students
Satoru Akama | Kenichiro Iwasaki | Hiroki Kawahara | Hajime Nakatani

Advisors: Last year's member
Syotarou Ayukawa | Akio Kobayashi

Instructors
[http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Daisuke Kiga] | [http://www.es.dis.titech.ac.jp/ Masayuki Yamamura] | [http://nicosia.is.s.u-tokyo.ac.jp/~hagiya/ Masami Hagiya] | [http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Masahiko Uchiyama]

Links sunaba


Homepage1.JPG


Project

Concept: Ant society and Pareto's principle
Model : Bacterial society that follows Pareto's principle Homepage3.jpg
Requirements: bistability and cell-cell communication

Experiments

Wet

Construction / Assay

Dry

Analysis / Simulation


Achievements

About our team


Students
Satoru Akama | Kenichiro Iwasaki | Hiroki Kawahara | Hajime Nakatani

Advisors: Last year's member
Syotarou Ayukawa | Akio Kobayashi

Instructors
[http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Daisuke Kiga] | [http://www.es.dis.titech.ac.jp/ Masayuki Yamamura] | [http://nicosia.is.s.u-tokyo.ac.jp/~hagiya/ Masami Hagiya] | [http://www.sb.dis.titech.ac.jp/ Masahiko Uchiyama]

Links sunaba

Home https://2007.igem.org/Tokyo_Tech

Retrieved from "http://2007.igem.org/wiki/index.php/Tokyo/sunaba"