Chiba/Quorum Sensing

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===Discussion===
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*合成されたS-adenosyl Methionineがほかの代謝経路に使われて、AHL合成に使われなかったのだろうか.
*合成されたS-adenosyl Methionineがほかの代謝経路に使われて、AHL合成に使われなかったのだろうか.
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==2.Improving Receiver==
==2.Improving Receiver==
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===Result===
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*Ile45->Phe,Ser116->Alaの2か所の変異を入れたものは常にGFPを発現し続けるために、Swichingができなくなってしまった。
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*一か所変異を入れたものはwild typeのLuxRを発現するものよりも10倍ほど感度が上がった。
==3.Aiia==
==3.Aiia==

Revision as of 06:54, 26 October 2007

Chiba logo.png

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Size Control: Our Aim

Fig1.AHL concentration gradient.

(マリモのサイズをコントロールしたい/しなくてはならない:どっち?)マリモのサイズをコントロールする為にはAHLの届く範囲をコントロールできればよい.

  • AHLの届く範囲をコントロールために以下の3つを考えた:
    1. SenderのAHL生産能力をあげる
    2. ReceiverのAHL感受性をあげる
    3. AHL分解酵素aiiAを使う


1.Improving Sender

Design

Chiba ahlsynth.png

AHLはFig.2のpathwayで合成されている.LuxIは十分量発現していると考えられる(の?)ので,中間体(中間物質?名称わかんない)のs-adenosyl methionineの合成を増やしてみる.その為にmetK遺伝子を増やしてみる.

Experiment

Result

Discussion

  • 合成されたS-adenosyl Methionineがほかの代謝経路に使われて、AHL合成に使われなかったのだろうか.


2.Improving Receiver

Design

File:Mut LuxRの感度アップグラフ mutated LuxRによって感度が上がったという論文があった[ref].論文によれば1点にmutantをいれた場合〜〜.3点にmutantをいれた場合〜〜. 私たちは〜〜という理由から,そのうちの1点mutantと2点mutantを作った.

Experiment

File:作ったmut luxr 図のように1点&2点にミュータントをいれたluxrをsite direct mutagenesisで作成した. これを__プラスミドにいれた. __により感度を見た.

Result

  • Ile45->Phe,Ser116->Alaの2か所の変異を入れたものは常にGFPを発現し続けるために、Swichingができなくなってしまった。
  • 一か所変異を入れたものはwild typeのLuxRを発現するものよりも10倍ほど感度が上がった。

3.Aiia

(なんかいいタイトルないかな)

Design1

Plux aiiA.jpg
図のように,AHLのシグナルが入るとaiiaを合成するような回路を考えた.Marimo全体がAHL quencherとして働く.Marimoの内側でAHLを分解し、Marimoの外側のAHL濃度を抑える.

Experiment

Result

  • BBa_T9002との比較ではGFPははじめ発現しないが、しばらくするとGFPが発現するようになる。

Discussion

  • 発現し始めた時が、AHLの濃度がaiiAの分解能力を超えた時だと考えられる。

Design2

Rec inv aiia.jpg
図のようにインバーターをかませた.高い濃度ではaiiAが発現しないためAHLは分解されない.AHLが低い濃度ではaiiAが発現しAHLを分解する.よってマリモの中心付近ではAHLを分解せず,外側へ行くと分解される.

Experiment

Result

Discussion